Você instalou o urxvt a partir dos repositórios do Ubuntu? Qual pacote? Ou, se você mesmo compilou, que opções de tempo de compilação você usou? Quais recursos você ativou?
Se você tiver instalado através dos repositórios do Ubuntu, tente instalar o pacote rxvt-unicode-lite em vez de rxvt-unicode . A versão lite é compilada com muitos dos recursos extras desligados, e pode resolver o seu problema sem entrar em todas as várias opções.
O urxvt também conhecido como rxvt-unicode possui muitos recursos interessantes. É mais provável que você esteja vendo um problema com um recurso em particular, e desativá-lo irá resolver seu problema. Em particular, tente remover o suporte a transparência / libAfterImage, fontes Xft e ... Não sei mais o quê.
Veja a página do manual urxvt (1) para uma lista de opções de tempo de execução. Estes saltam para mim como coisas boas para tentar desligar:
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-rv- Desativa o vídeo reverso simulado; recurso reverseVideo. -
-tr- Desativa a ilusão de um fundo de janela transparente; recurso transparente. -
-depth- use um bitdepth que corresponda ao seu X-server -
-fade 0- desativa o enfraquecimento na perda de foco
Veja a página do manual urxvt (7) ( e urxvt FAQ) para uma lista de opções em tempo de compilação (parte inferior da página). Se você compilou o seu próprio, tente compilar uma nova versão com a opção --disable-everything e ver se isso ajuda. Em caso afirmativo, você pode adicionar recursos de volta e testá-los até encontrar o que está causando o problema. Em particular, essas opções desativam coisas que eu esperaria serem fontes de problemas:
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--disable-transparency -
--disable-afterimage -
--disable-fading -
--disable-frills -
--disable-swapscreen -
--disable-xft