Você está procurando um backup incremental agendado, esse recurso não está incluído no Clonezilla por um bom motivo. O Clonezilla (e outros programas semelhantes) estão sendo usados para criar um backup de unidade de emergência confiável que não deve ser comprometido. se você executar esse software automaticamente e sem supervisão, poderá destruir uma imagem de unidade perfeitamente boa, sobrescrevendo-a com uma imagem infectada.
Você deve criar uma imagem de unidade e mantê-la em algum lugar seguro, depois disso, execute backups incrementais agendados dos dados do usuário (é onde o particionamento da unidade é útil).