Não, não há razão para que a conversão para MP3 faça com que o arquivo seja iniciado antes (a menos que haja um erro na audácia).
O problema provavelmente está em outro lugar. Você pode acidentalmente mudar o início da pista1?
Não poderemos ajudá-lo sem mais informações.
Tente reproduzir o problema com audácia e, em seguida, poste as etapas exatas seguidas (e idealmente o arquivo de mídia necessário para reproduzi-las, que pode ser colocado em algum espaço da Web, pois não é possível postá-lo aqui), juntamente com instruções precisas. reproduzir o problema. Então vamos ver ...