Isso provavelmente devido à "transparência falsa", em que o termo apenas tira um instantâneo do que está abaixo dele e o usa como plano de fundo.
Você pode tentar o urxvt aka rxvt-unicode ( sucessor escolhido do aterm) , que suporta transparência falsa e real. Acredito que a transparência real também precisa de um gerente de compostagem, como o Xcompmgr, o Cairo-compmgr ou o Unagi (ou o Compiz WM, mas duvido que você queira deixar o Xmonad apenas para isso).