Os nomes de arquivos abreviados são artefatos do FAT32; qualquer arquivo com um nome maior do que os antigos 8.3 recebe um nome abreviado, como você viu. Use um sistema de arquivos adequado, um que manipule nomes de arquivos longos nativamente, em vez de usar um hack bizarro, e você não terá esse problema (por exemplo, NTFS, HFS, ext - todos manipular nomes de arquivos longos nativamente). A Wikipedia tem mais detalhes sobre o Long Filename que o FAT32 usa
O FAT32 também tem outros problemas que dificultam o funcionamento do rsync - por exemplo, ele não armazena timestamps com grande precisão, então o rsync não pode usar sua heurística normal.
A FAQ do rsync tem uma entrada no rsync copiando os mesmos arquivos várias vezes. Em suma, é provavelmente o timestamp que está causando a maior parte da nova sincronização; modify-window=1
ou talvez modify-window=2
deve corrigir isso.