A primeira coisa que vem à mente é o rsync :
rsync -va /path/to/new/tree/ /path/to/existing/tree
A barra final no primeiro caminho é vital. Sem ela, uma nova pasta tree
será criada em /path/to/existing/tree
, criando o caminho /path/to/existing/tree/tree
.
Este comando atualizará os arquivos na árvore existente com os arquivos da nova árvore.