Eu nunca escrevi um romance, mas tive que lidar com essa reclamação de vários usuários. O melhor conselho que posso dar é nunca confiar em um processador de texto para paginação sem quebras manuais, especialmente quando estiver entre o OO e o Word.
Uma boa solução que posso pensar é usar Scribus , é gratuito e muito fácil de usar, bem como poderoso. Você pode criar uma série de páginas e um grande quadro de texto que as abranja e, em seguida, pode editá-las e movê-las em páginas específicas, conforme necessário. Crie um arquivo ou quadro de texto separados para cada capítulo, se desejar.
Exporta o PDF muito bem e é uma verdadeira ferramenta de editoração eletrônica e não um processador de texto. Você provavelmente vai encontrá-lo bem adequado às suas necessidades.