Tudo bem, deve funcionar bem.
No entanto, como você pediu uma maneira melhor de fazê-lo ... Tenho certeza que você fará tudo certo, mas você pode desconectar o segundo disco rígido temporariamente apenas para ter certeza de que não pode cometer erros ou não faça nada errado, simplesmente conecte-o novamente depois que a configuração terminar e você estiver de volta no Windows.