É algo nesse sentido.
pgpwde --encrypt --passphrase "your password goes here" --disk "#" --partition "#"
Este artigo pode lhe dar mais informações, fala sobre a decodificação.
Como você criptografa uma partição, em vez de um disco inteiro, com o PGP Desktop, a partir da linha de comando? Para criptografar um disco inteiro, parece haver um argumento --disk, mas não consigo encontrar como fazer isso para partições.