Eu não acho que você pode. Se você usasse um applescript, também acabaria tornando o Safari ativo. Se as janelas estão organizadas de tal forma que você pode ver a aba enquanto o iTunes estiver ativo, você pode segurar o comando e clicar na aba de fechamento X e isso manterá o iTunes ativo enquanto fecha a aba no fundo. Isso é o mais próximo que você consegue.