Não conheço nenhuma maneira simples de vincular as fontes do sistema ao layout do teclado, mas uma fonte chamada GentiumAlt (pacote ttf-sil-gentium) inclui os caracteres latinos normais e o circunflexo alfa que você deseja. (As fontes no ttf-linex parecem usar o circunflexo tipo til / irregular).
Depois de instalar a fonte, clique com o botão direito do mouse na área de trabalho e selecione "Alterar fundo" (ou vá para Sistema> Preferências > Aparência), alterne para a guia Fontes e defina pelo menos a fonte Document como GentiumAlt. No OpenOffice, escolha GentiumAlt no menu suspenso de fontes.
Se seu layout for grego-polimérico, alfa com circunflexo é [a.