Você pode usar IronAHK com #IfWinActive .
O Mac OS permite trocar as teclas ctrl e cmd. Existe uma maneira de tê-los trocados por aplicativo?
Basicamente, estou tentando executar um terminal (via emulador "Terminal" ou X11 ou não) e ter os mapeamentos de chave revertidos novamente. (Todo o sistema, eu preciso de ctrl e cmd trocado, mas isso estraga o meu terminal, então eu gostaria de desalojá-los apenas quando executar esse aplicativo)