Os arquivos que precisam ser instalados são renomeados para 0.fil e em diante, e acho que filedef.txt contém a lista de mapeamentos de nomes de arquivos.
O problema é que eu acho que as configurações do registro que são necessárias não são armazenadas como objetos do sistema de arquivos, mas sim armazenadas no eDirectory, que o agente Zenworks (seja o autônomo ou o que acompanha o Client32) lê no momento da instalação.
Eu sei que ele pode pré-armazenar em cache essa informação, para que você possa fazer a instalação off-line, mas esqueci como as configurações do registro são armazenadas nesse caso.
O arquivo ATX é bastante legível, é uma versão de texto do arquivo de definição AOT, (AOT é o formato binário).
Infelizmente, não conheço nenhum ótimo método para fazer o que você quer.