O mesmo aconteceu comigo quando atualizei para o 9.04. Aqui está o que eu fiz:
Pressione
Agora vá para o diretório '.config / autostart' em seu diretório pessoal e crie um arquivo chamado 'nautilus desktop'. Copie o seguinte conteúdo para esse arquivo:
[Desktop Entry]
Type=Application
Encoding=UTF-8
Version=1.0
Name=No Name
Name[en_US]=Nautilus
Comment=Start Nautilus on login event though this should happen automatically
Exec=nautilus --no-default-window
X-GNOME-Autostart-enabled=true
Agora faça login na sua sessão gráfica novamente e, com um pouco de sorte, você verá a área de trabalho preenchida desta vez.