Eu não acho que o NppFTP suporte o tunelamento nativamente.
Mas você pode usar um túnel criado no PuTTY ou WinSCP no NppFTP.
Por exemplo, se você configurar o túnel no PuTTY, poderá conectar-se à porta encaminhada no NppFTP, desde que mantenha a sessão do PuTTY aberta.
Da mesma forma com o túnel WinSCP. No WinSCP, você deve definir "Porta do túnel local" fixa , em vez do padrão "autoselect".