O link que você citou diz:
you must not touch any volumes that were mounted on that machine (i.e. any FAT32 or NTFS partitions assigned a drive letter in the hibernated OS).
Acredito que, enquanto o Linux não montar o Windows em hibernação partição, então o Windows vai ficar bem.
O artigo adverte que a montagem da partição hibernada do Windows pode causar uma falha catastrófica no Windows.
Gostaria de observar que a definição de um sistema operacional como uma máquina virtual dentro do outro resolverá todos esses problemas, desde que sua RAM seja suficiente.