É possível, eu tive o Windows XP e Ubuntu com TrueCrypt no meu PC em casa. Nunca tive qualquer experiência com o Vista ou o Windows 7, mas este colega fez isso, então é possível.
Terá de descriptografar a partição do sistema e a partição onde irá instalar o Windows 7. Vá para o menu " Sistema > Descriptografar permanentemente a partição do sistema / drive
É um pouco complicado, mas não há outra maneira:]