Eu tive um problema semelhante e corrigi-lo alterando a DACL do arquivo (permissões) removendo a herança e deixando apenas o usuário, o sistema e os administradores para ter acesso de controle total:
icacls C:\Users\xxx\.ssh\config
C:\Users\xxx\.ssh\config NT AUTHORITY\SYSTEM:(I)(F)
BUILTIN\Administrators:(I)(F)
DOMAIN\xxx:(I)(F)
Eu usei o GUI do Explorer para isso, mas também pode ser feito por icacls. Exemplo:
> icacls.exe .\.ssh\config /grant everyone:f
> ssh 127.0.0.1
Bad owner or permissions on C:\Users\xxx/.ssh/config
> icacls.exe .\.ssh\config /inheritance:d
> icacls.exe .\.ssh\config /remove everyone
> ssh 127.0.0.1
ssh 127.0.0.1
Warning: Permanently added '127.0.0.1' (ECDSA) to the list of known hosts.
[email protected]'s password: