Se você tiver sorte, é apenas o feedback da configuração do microfone sendo tão sensível que está captando a saída dos alto-falantes. Para ter certeza de que não é isso, conecte alguns fones de ouvido e ouça-os quando ligar o microfone.
Se não é isso - lembro-me de ter um problema semelhante há algum tempo e o driver da minha placa de som precisava ser atualizado (caso contrário, eles são bloqueados ao acessar o microfone). Sem conhecer sua placa de som, é difícil dizer onde encontrar tal atualização, mas qual versão do Debian você está rodando?