Isso depende de como o programador implementou o "procedimento de arquivo aberto" no software.
Sem entrar em uma explicação exata sobre como o manuseio do arquivo é realizado, tente imaginá-lo como uma "conexão" entre o arquivo e o aplicativo. Enquanto a conexão estiver aberta, você não poderá remover a unidade. Isso seria o exemplo do MS Notepad.
Seu exemplo do Notepad ++ funciona de forma diferente: Para ler o conteúdo de um arquivo, o Notepad ++ constrói a conexão com o arquivo. Mas depois que "got" tudo fecha a conexão, mas ainda mantém o conteúdo do arquivo visível em sua janela. Desta forma, embora pareça que o arquivo está "aberto", a "conexão" foi fechada e você pode remover sua unidade.
Espero que ajude ...