Esta questão parece ser respondida aqui: Gnome: Mapear a chave AltGr para Alt
Acredito que o xmodmap é o caminho a seguir.
Você pode encontrar vários exemplos de como usar xmodmap
(dependendo da configuração do seu teclado) na página de resposta referenciada.
Você também pode verificar a ferramenta de ajuste do gnome , que fornece uma GUI para fazer exatamente isso.