Veja como resolvi a situação:
- Monte o sistema de arquivos HFS + original no Mac
- Monte uma unidade vazia de tamanho igual no formato Pi, ext4
- Ative o compartilhamento de arquivos no Mac, monte esse compartilhamento no Pi
- Use
rsync
para mover todos os arquivos pela rede, do Mac para o Pi
Os arquivos que foram relatados como desaparecidos foram sincronizados com o sistema de arquivos ext4 sem nenhum problema e podem ser usados normalmente. Problema resolvido!
No entanto, isso não explica o que causou o problema em primeiro lugar. A única pista que eu tenho para a resolução de problemas é que o nome de cada arquivo que foi reportado como desaparecido continha o caracter tailandês 'sara am' (Unicode U + 0E33). A única coisa especial sobre esse personagem é que ele não se sustenta sozinho, mas sempre combinado com outro personagem. Talvez a implementação do HFS + no Debian engasgue com isso? Demasiado técnico para mim, e o meu problema está resolvido como acima.