Eu não sei se vale a pena instalar o Caliber para o seu trabalho, mas se você tiver, você pode usar o poderoso conversor de e-books:
ebook-convert input.epub output.txt
O formato de saída é deduzido da extensão do arquivo de saída
Eu imagino que possa haver algumas ferramentas / scripts XML (XSLT) que podem transformar o epub em texto, já que epub é basicamente XHTML no arquivo ZIP