Em suma, não, não é possível.
O macOS só vai 'lembrar' um único espaço para qualquer aplicativo. Se você mover as janelas para diferentes Spaces, no próximo lançamento elas irão migrar para o primeiro espaço disponível.
Alguém, em algum lugar, pode ter feito um utilitário para fazer isso para você - mas nunca encontrei um.
A única solução utilizável que já encontrei é duplicar o aplicativo & alterar o identificador do pacote -, cada instância pode ser lembrada separadamente.
Consulte o link para obter uma maneira de fazer isso no Safari.