This manager is the problem, as it won't allow me differentiate between the headset microphone and the internal microphone.
Não, não é. Não há problema algum. É exatamente como o seu hardware foi projetado. Algumas placas de som / chips (principalmente de desktop) permitem dispositivos de entrada distintos, mas muitos dispositivos de som de novos laptops usam um único conector como os telefones / tablets não.