O indicador colorido é uma mudança deliberada da equipe de design da Canonical - veja aqui
Para resumir -
- Vermelho: denota problemas críticos
- Laranja: denota avisos críticos
- Azul: denota informação pura.
- Verde denota que algo está "agora OK" ou "aprovado".
Por isso, o indicador de mensagem foi alterado para azul para indicar apenas "informações".
Assim, acho que a única maneira de mudar para verde é substituir o pacote ubuntu-mono por uma versão de maverick ou lúcida. Não tenho certeza se isso é aconselhável.