O Windows NTFS foi construído em um recurso de compactação de arquivos transparente que funciona da maneira que você está imaginando.
Basicamente, os dados são compactados antes de serem enviados para o disco e transparentemente descompactados enquanto são lidos por um aplicativo.
Você pode ler mais em HowToGeek e você pode acessar o recurso por
- clicando com o botão direito em um arquivo ou pasta,
- vá para o item "Propriedades" na parte inferior
- clique no botão "Avançado" na janela que aparece
- Marque a caixa "compactar conteúdo para economizar espaço em disco" e clique em "OK"
- Clique em "Aplicar" ou "OK" na janela de propriedades
O Windows irá então compactar seus arquivos ou arquivos.
Seus arquivos serão compactados (no disco), mas aparecerão como se não estivessem compactados em qualquer aplicativo que os utilizasse.