Você não pode "adicionar um" com uma expressão regular com o notepad ++.
No entanto, essa solução alternativa pode funcionar para você:
- Limpe os números primeiro: Substitua
\[#\d+\]por[#] - Substitua as novas linhas por algo que não possa ser repetido dentro do arquivo: por exemplo, substitua
\r\n(?!\r\n)by<<<EOL>>> - Corrija a primeira linha (insira o número manualmente)
- Use o editor de colunas para o restante das colunas. Coloque o cursor na segunda linha, depois do '#' e pressione ALT + C
- Selecione "Número para inserir": número inicial = > 2, aumentar por = > 1.
- Selecione "Zeros à esquerda"
- OK = > Isto irá adicionar os números
- Substituir
\[#0+(\d+)\]por[#] - Agora restaure o fim das linhas: substitua
<<<EOL>>>por\r\n
Nota: Estou supondo que a linha do Windows termine. Você pode precisar usar \r para Mac ou \n para linux.