Já existe um relatório de bug no Launchpad com o indicador do Thunderbird e a contagem de mensagens do ícone e você pode dar uma olhada nele aqui .
Ícone do Thunderbird como este, que indica um e-mail não lido, continua exibindo e-mails como não lidos, mesmo quando os novos e-mails foram lidos e não são mais "não lidas". Algum problema conhecido?
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