Why is this happening?
aufs montado como / é uma montagem sindical . Ele usa um conteúdo estático (provavelmente montado em /rofs antes) no início, então qualquer alteração feita no sistema de arquivos é colocada de forma transparente sobre ele.
Essas alterações são mantidas na RAM (poderíamos ver detalhes se você postou a saída de mount ) e elas são perdidas toda vez que você reinicializa a máquina (virtual).
Essa solução, ou equivalente, é frequentemente usada pelos sistemas operacionais de inicialização ao vivo ou pelos instaladores do Linux (que permitem que você experimente o sistema operacional antes de instalar); é incomum em desktops regulares. Eu não conheço o Mint o suficiente para dizer como você entrou nessa situação e o que você deveria ter feito diferente.