Você precisa ir para as opções do CCleaner > separador "Janelas" > sob o windows. Aqui, há uma opção para cancelar a seleção de "documentos recentes". Isso deve cuidar dessa configuração para você. É mostrado aqui na imagem.
Do site deles:
"Documentos recentes - Esta opção limpa a lista que o Windows Explorer mantém de seus arquivos abertos mais recentemente (veja, por exemplo, o item Meus Documentos Recentes no menu Iniciar)."
Atualização: Caso já esteja desmarcado, tente ativá-lo, executar uma varredura e, em seguida, desativá-lo, executar outra varredura. Isso deve ajudá-lo a redefinir as configurações desse switch.