De acordo com os documentos do Matlab para a função mesh , parece que o Y eixo usa o primeiro índice da matriz e não o segundo. POR EXEMPLO. em um par de (i,j) index, i estará no eixo Y e j estará no eixo X. Eu tive uma discussão bastante extensa sobre isso com colegas de trabalho, e parece vir até a maneira como as lojas Matlab suas matrizes internamente: ele armazena uma lista de colunas ( maior ordem de coluna ), há uma explicação bastante interessante aqui: link
TL; DR a primeira dimensão é as colunas (Y), depois as linhas (X), depois todos os eixos adicionais em ordem.