Você pode simplesmente arrastar e soltar o item do Docky de Aplicativos - > Acessórios na janela do Startup Applications e ele será adicionado à lista de programas que iniciam no login.
O tipo de arquivo é .desktop . Vá para ~/.config/autostart e você verá agora um docky.desktop e vários outros arquivos .desktop .
Cada programa que tem um arquivo .desktop o terá em /usr/share/applications , então, se você quiser, pode também copiar manualmente /usr/share/applications/docky.desktop para ~/.config/autostart .
O formato dos arquivos .desktop é basicamente o mesmo dos arquivos INI .