Eu não sei se esta é uma solução que funciona do jeito que você quer, mas você pode experimentar e ver por si mesmo. Além disso, não acho que funcionará 100% do jeito que você quer
Normalmente, todos os programas / aplicativos serão exibidos se você começar a digitar o nome no menu Iniciar. Se você clicar com o botão direito do mouse sobre eles, poderá selecionar "Ir para o local do arquivo". Isso irá enviar você para o diretório StartMenu \ Programs. Se você mover o programa necessário para longe dessa pasta (para a área de trabalho, por exemplo), ele não aparecerá mais no menu Iniciar ao pesquisá-lo no menu Iniciar. Você pode voltar a usá-lo se quiser reutilizá-lo.
Idealmente, você pode escrever um script (presumo que você esteja familiarizado com isso) que copia automaticamente o programa que está vinculado no menu Iniciar para uma pasta separada e vice-versa.