Eu tenho a mesma problemática. Então, para resolvê-lo, faça este procedimento.
- Parar o processo do apache2:
service apache2 stop
- Excluir malware:
rm -f /var/tmp/chron-34e2fg /var/tmp/.jnks/*
- Reinstale o apache 2 como citação disse
REINSTALE APACHE2:
sudo apt-get purge apache2
sudo apt-get install apache2
Em seguida, REINSTALE o PHP5:
apt-get purge libapache2-mod-php5 php5 && apt-get install libapache2-mod-php5 php5