Pode haver três coisas diferentes acontecendo aqui.
Primeiro, o Windows normalmente bloqueia a inicialização de discos removíveis. Ele não inicializa a partir de drives flash USB (ou realmente qualquer drive conectado via USB). Às vezes você pode enganar o Windows de qualquer forma, mas não parece que você tentou isso ainda, e não é fácil de fazer. Eu não consegui encontrar um bom link que explica como.
IIRC (já faz um tempo!) este problema normalmente causa uma mensagem de erro diferente, então você pode ter algo mais acontecendo também ... mas quando você resolve esse outro problema (se houver), você ' Também preciso lidar com isso.
Em segundo lugar, o Windows precisa de duas partições, duas de inicialização. A primeira partição é pequena (100-500Mb) e apenas mantém o gerenciador de inicialização. O gerenciador de boot tem informações sobre como inicializar o sistema operacional real ... incluindo o disco e a partição onde o sistema operacional está localizado . Quando você clonou o sistema para a unidade USB, essa referência mudou. Os nomes de baixo nível dos discos usb usados pelo gerenciador de boot do Windows são diferentes daqueles usados para o disco sata ou ide e, portanto, o gerenciador de inicialização não consegue encontrar seu SO.
Por fim, pode haver uma incompatibilidade entre um MBR e um disco formatado com GPT. Discos MBR são normalmente usados em computadores BIOS de estilo antigo, e os discos GPT são normalmente usados com os novos sistemas UEFI ... mas você pode encontrar exceções em ambas as direções. Pode ser que tentar inicializar a partir do dispositivo USB tenha movido um disco rígido particionado por GPT para um disco usb particionado por MBR.