Idem na resposta "mais scanners". Meu scanner tem uma folga física de 0,125 entre a área de digitalização e duas bordas de papel. Eu tenho que mexer com a posição do papel se quiser que o papel seja digitalizado.
Quanto à criação de PDF, às vezes você pode cortar as configurações de DPI do software - fazendo as contas para passar de 300 dpi para 291 dpi ou o que for que o PDF seja lido como 8.5x11.0.