Não vejo como fazer com que o Linux configure automaticamente um endereço IPv6 de link local para um endpoint de túnel GRE, mesmo que pareça ter essa capacidade desde 2011 . Aqui está a transcrição. O endereço 10.10.10.10 aqui é para demonstração, mas a mesma coisa acontece com túneis reais que funcionam de outra forma (inclusive com IPv6). A ativação do MULTICAST é necessária por outros motivos, mas parece não afetar o resultado em nenhum caso.
# uname -srvo
Linux 4.16.12-1-ARCH #1 SMP PREEMPT Fri May 25 23:30:31 UTC 2018 GNU/Linux
# ip -V
ip utility, iproute2-ss180402
# ip tun add test mode gre remote 10.10.10.10
# ip link set test multicast on
# ip link set test up
# ip link show test
11: test@NONE: <POINTOPOINT,MULTICAST,NOARP,UP,LOWER_UP> mtu 1476 qdisc noqueue state UNKNOWN mode DEFAULT group default qlen 1000
link/gre 0.0.0.0 peer 10.10.10.10
# ip addr show test
11: test@NONE: <POINTOPOINT,MULTICAST,NOARP,UP,LOWER_UP> mtu 1476 qdisc noqueue state UNKNOWN group default qlen 1000
link/gre 0.0.0.0 peer 10.10.10.10
# sysctl net.ipv6.conf.test.disable_ipv6
net.ipv6.conf.test.disable_ipv6 = 0
# sysctl net.ipv6.conf.test.autoconf
net.ipv6.conf.test.autoconf = 1
Tags networking ipv6 tunnel ip-address linux