A primeira coisa que vem à mente é que seus servidores estão sofrendo algum esforço e descartando o DL. O Firefox continuará com o DL, enquanto o diálogo de download do IE irá falhar.
Os downloads do software Windows Server Eval disponíveis em esta página da Microsoft está falhando, quando iniciada a partir do IE8. Obtém talvez 15-20%, e então ele simplesmente sai. Nenhuma mensagem de erro. A janela de download simplesmente desaparece.
Funciona a partir de FF3.5. O que da?
Estes são downloads de 700MB. Alguém sabe de algum problema no IE?
É muito possível que o Internet Explorer esteja encerrando a conexão, e como o kbmonkey mencionou, o Firefox tem o currículo de download embutido.
Pessoalmente, eu uso o Free Download Manager para downloads grandes como esse - ele suporta coisas como várias conexões e a capacidade de pausar / retomar o download. Como o próprio nome indica, é grátis, e é open-source para inicializar.