Tente
sudo chmod -R -f 777 (your hard disk path)
no Live CD do Ubuntu (depois de montar o seu disco rígido)
(o caminho do seu disco rígido) seria, por exemplo, /media/live/disk/* em vez de C:\ ou /dev/sdb2 .
Mas SEJA PRECISO: o 777 aplica leitura, gravação e execução aos arquivos. Alguns arquivos do Windows não devem ter essas permissões (no estilo de permissão do Linux, eles estariam mais próximos de -rwxr----- then -rwxrwxrwx ).
Eu não testei este comando, mas o seu sistema deve inicializar depois.