Consegui restaurar o servidor. Para este propósito eu iniciei o modo de emergência através do menu de inicialização do GRUB. Então o sistema de arquivos foi montado em somente leitura e eu consegui logar como root. Além disso, remontei o fs no modo de leitura / gravação (mount -o remount, rw /) e alterei o proprietário do diretório raiz para root (chmod root: root /). No meu caso, o dono do diretório raiz tinha o id 1000. Subdirs possuíam o dono corretamente.