Você precisa alterar os padrões da chave gsettings chamada com.canonical.Unity.Launcher favorites
Você pode obter seu conteúdo com gsettings get com.canonical.Unity.Launcher favorites
e depois substitua get
por set
e adicione novos favoritos colocando-os em "
.
Por exemplo:
gsettings set com.canonical.Unity.Launcher favorites "['gnome-terminal.desktop', 'firefox.desktop', 'chromium-browser.desktop' ]"