What are the security differences
Não tanto IMHO. Seu Windows pode ser pwned porque tem acesso à Internet, seja uma VM ou roda no metal. O mesmo para o Linux. A verdadeira questão é o quanto você pode confiar em seus backups.
How much would Windows be able to compromise the Linux Sandbox if at all
Eu duvido que existam malwares direcionados a VMs, já que esses sistemas costumam ser descartáveis. Mas um ransomware pode criptografá-lo como qualquer outro arquivo.
Which set up would be the most simplistic to set up
É mais fácil executar uma VM Linux no Windows, especialmente para fins de licença. Mas você ainda tem o Windows ao seu redor quando você não precisa dele, com o uso de memória / CPU, as reinicializações obrigatórias, etc ...
Performance differences
Em geral não muito. Mas se você quiser jogar videogames, você tem que manter o Windows como o sistema principal, a placa de vídeo 3D é dificilmente suportada pelo software da VM. Você também pode ter problemas com periféricos USB especiais (pelo menos com o VirtualBox).
Duas outras coisas para investigar:
-
O Windows Subsystem para Linux (também conhecido como WSL), que como o próprio nome não indica, é realmente um subsistema Linux para Windows.
-
Um segundo PC menor / mais leve para rodar o Linux. Não precisa ser caro. Um Raspberry Pi poderia fazer isso.