Is it possible to configure SSL and non-SSL sites on the same Apache server?
Sim.
Let's say I have domain1.com, domain2.com and domain3.com running on the same Apache web server using just one public IP address. The site domain2.com will implement an SSL certificate, but domain1.com and domain3.com won't.
Tudo bem. Você deve estar seguro em tornar domain2.com seu único host SSL.
Para seus sites não https, você pode configurá-los normalmente. A única etapa "extra" que eu poderia considerar seria fazer uma versão não HTTPS de domain2.com redirecionar automaticamente o tráfego HTTP para a versão HTTPS do site (supondo que isso seja um comportamento desejável).
Se você estiver interessado, aqui está a documentação do Apache2 do Ubuntu 16.04 (que contém alguns pequenos, mas notas relevantes sobre SSL em "Configuração HTTPS") e um pouco mais detalhado tutorial SSL para o Ubuntu 17.04 .
Como uma pequena advertência, os links acima tratam principalmente de certificados auto-assinados. Como você está no Linux, talvez queira conferir o CertBot . O Certbot permite que você obtenha certificados públicos válidos de Vamos criptografar e usa alguma automação para ajudar a facilitar o gerenciamento desses certificados.
No Windows, o arquivo de configuração padrão SSL relevante é normalmente conf\extra\httpd-ssl.conf . Da mesma forma, ZeroSSL fornece uma boa ferramenta de linha de comando para o Let's Encrypt (embora não seja automatizado).