Vá para Sistema → Preferências → Aplicativos de Inicialização e clique no botão Adicionar . Você verá algo assim:
O nome e o comentário são apenas para você reconhecê-lo na lista de aplicativos de inicialização
O comando para empatia é apenas empathy
Se não tiver certeza sobre um comando, você pode iniciar o aplicativo, abrir o Monitor do Sistema e verificar a entrada Comando na lista de processos.