Não é uma solução exata, mas você pode criar um atalho para o seu arquivo cmd e adicionar um parâmetro de linha de comando ao destino. Quando você precisar executar o cmd do Explorer, terá que iniciar o atalho, não o arquivo cmd. No seu arquivo cmd, você testará o parâmetro% 1 para identificar se ele foi iniciado a partir do atalho (do explorador) ou do prompt de comando.