Observe que o arquivo Cygwin.bat chama o shell ( bash --login -i na minha instância), então por que não invocar o shell diretamente? Portanto, como você iniciou o arquivo em lote, ative o executável bash .
No ConsoleZ , isso significa que, para o seu Tab (na seção Tabs ), defina o parâmetro Shell como o local do seu bash.exe file, em vez do seu arquivo Cygwin.bat . Mas, não se esqueça de definir seus parâmetros (por exemplo, --login -i ) nesse campo Shell . Felizmente, o ConsoleZ tem uma guia Environment na seção Tabs , onde você também pode definir variáveis de ambiente adicionais, conforme necessário.