A última versão do Internet Explorer suportada no Server 2003 é o IE8 e está muito desatualizada e não consegue exibir os sites mais modernos. Isso não é algo que você possa consertar alterando as configurações; o navegador simplesmente não funcionará nesses sites.
Como solução alternativa, você pode instalar uma versão mais antiga do Firefox (não sei qual é a versão mais recente que será executada no Server 2003, mas ainda é possível fazer o download de versões que funcionarão). Também é possível que algumas versões mais antigas do Chrome funcionem.