Aparentemente, o motivo é "Aceleração UDP", na qual o SE usa conexões UDP, além das conexões TCP que normalmente usa. Por algum motivo, essa opção é desabilitada quando uma camada de ofuscação é usada (provavelmente porque o Obfs4 não está configurado para escutar as portas UDP exigidas por SE para "aceleração UDP"). Quando as conexões SE diretas são feitas com "aceleração UDP" desabilitada, uma baixa velocidade é obtida similar às conexões ofuscadas.
Vou testar um pouco mais para ver o que posso fazer sobre isso.