Depende ...
Quando você altera sua senha de login com a linha de comando, ela atualiza sua senha de login sem atualizar a senha do ecryptfs. Isso evita que outros usuários (bem root realmente) acessem seus dados criptografados alterando sua senha. Se você alterar a senha com esse método, sua senha antiga poderá ser usada para descriptografar os dados.
Quando você altera sua senha de login com as ferramentas gráficas, ela atualiza sua senha de login e a senha do ecryptfs. Com isso, seus dados serão descriptografados automaticamente quando você fizer login e não puder ser acessado com a senha antiga.
Consulte o link para obter informações adicionais.